次氯酸鈉消毒是利用商品次氯酸鈉溶液或是現場制備的次氯酸鈉溶液作為消毐劑，進行去污處理，盡管液氯氣具有價格低廉、使用方便等優點，但由于氯氣是一種極毒的化學元素，一旦發生泄漏事故，后果將十分嚴重。有些地方液氯供應也有一定困難。次氯酸鈉可以桶裝或用槽車供給用戶，由于次氯酸鈉溶液容易分解不易保存，所以大部分利用次氯酸南消毒的場所是用次氯酸鈉發生器現場制備。其原料是食鹽或是海水。因此作人口稠密地區、消毒站和病房生活距離較近及沒有液氯供應的地方宜采用次氯酸鈉。
　　以次氯酸鈉代替液氯消毒是未來飲用水消毒的發展方向。有關專家考察了液氯和次氯酸鈉兩種消毒劑在生產上的應用情況，對于其在微生物消毒效果和消毒副產物生成方面進行了全面性分析，次氯酸鈉效果顯著，副作用小。在不久的將來，次氯酸鈉將全面代替代替液氯消毒成為未來飲用水消毒的最佳選擇。